北征比作古代边疆部落的小摩擦，言语中充满不屑，无疑是在动摇军心。
曹操见奏后，怒不可遏，对身边人说：
“孔文举恃才傲物，竟敢如此无礼！”
但他仍未立刻发作，只是将这份不满记在心中。
更让曹操无法容忍的是，孔融多次在政治上与他针锋相对。
曹操为解决军粮短缺问题，颁布禁酒令，称“酒可亡国，昔夏桀、商纣皆因酒而亡”，试图通过禁酒节省粮食。
孔融却接连写下《难曹公表制禁酒书》，列举历代帝王饮酒成就功业的例子，如“尧不千钟，无以建太平；孔非百觚，无以堪上圣”，主张“酒何负于政哉”，言辞犀利，直指曹操借禁酒之名行专权之实。
他在文中写道：
“若因酒而罪，那么桀纣因女色亡国，何不禁婚姻？”
这番话让曹操颜面尽失，却又无从反驳。
孔融还曾建议“千里寰内，不以封建诸侯”，试图削弱曹操的封邑势力，维护汉室中央集权。
当时曹操已被封为魏公，势力日益膨胀，孔融的这一建议无疑是直接挑战他的权威。
曹操召集谋士商议，郭嘉说：
“孔融虽有才，却不识时务，若不加以遏制，恐动摇人心。”
曹操深以为然，开始暗中收集孔融的言行，寻找除掉他的机会。
孔融的种种言行，在曹操眼中已成为阻碍其霸业的绊脚石。
但孔融是士林领袖，
“海内英俊皆信服之”，
他的府邸每日都有士人拜访，探讨时政、交流学问，其影响力不容忽视。
曹操碍于其声望，一直隐忍未发，暗中却在等待时机。
当时的尚书令荀彧曾劝孔融：
“曹公权重，先生若与之相争，恐难自保，何不稍作退让？”
孔融答道：
“食君之禄，忠君之事，我身为汉臣，岂能屈从权臣？”
建安十三年（公元208年），曹操终于下定决心除掉孔融。
此时曹操已基本统一北方，权势稳固，而孔融仍在朝堂上直言不讳地批评曹操的政策，甚至公开反对曹操进位魏公。
曹操认为，若不除去孔融，必成后患。
他授意丞相军谋祭酒路粹诬告孔融，罪名有三：
一是“招合徒众，欲规不轨”，称孔融与祢衡等人结党，非议朝政，曾说“我大圣之后，而见灭于宋，有天下者，何必卯金刀”（“卯金刀”指“刘”，暗指汉朝将亡，孔融欲取而代之）；
二是“谤讪朝廷”，说孔融曾言“父之于子，当有何亲？论其本意，实为情欲发耳。子之于母，亦复奚为？譬如寄物缶中，出则离矣”，借此攻击孔融违背孝道；
三是“大逆不道”，指责孔融对孙权使者出言不逊，称“江东鼠辈，不足与谋”，有损朝廷威严。
这些罪名中，“不孝”一条尤为致命。
在以儒家伦理为根基的东汉社会，孝道是立身之本，更是治国之基，孔融被冠以“不孝”之名，瞬间从士林楷模沦为众矢之的。
路粹的奏疏公布后，朝野震动，许多曾敬仰孔融的人也因“不孝”罪名而对他产生质疑。
曹操顺势下令将孔融逮捕下狱。
孔融入狱后，依旧不改其风骨，面对狱卒的审问，他神色坦然，一一驳斥诬告之词。
他说：“我与祢衡相交，不过是谈诗论文，何来结党不轨？至于父子母子之言，不过是一时戏语，怎能断章取义，污蔑我不孝？”
但在曹操的操控下，这些辩解都无济于事。
不久后，曹操下令将孔融处死，时年五十六岁。
临刑前，孔融望着天空，长叹道：
“我不负汉室，只恨未能见中兴之日。”
他的妻子儿女
