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他上任不久，便弹劾了宦官集团的爪牙、中常侍侯览的党羽羊昌。
羊昌依仗侯览势力，在地方巧取豪夺、草菅人命，此前的官员虽知其恶行，却敢怒不敢言。
孔融搜集了羊昌的罪证，连续上奏十数章，言辞激烈，甚至直指侯览包庇纵容。
汉桓帝虽未严惩侯览，却也不得不将羊昌革职查办。
此事过后，孔融“不畏强权”的名声传开，士人们皆视其为清流代表。
灵帝光和七年（公元184年），黄巾起义爆发，天下大乱。
孔融被任命为北海相，前往战乱频发的青州地区任职。
北海国（今山东昌乐一带）地处黄巾起义的核心区域，城池残破，百姓流离，境内豪强割据，匪患猖獗。
孔融到任后，并未因局势艰难而退缩，而是制定了“抚民、整军、兴学”的三大策略。
他首先整顿吏治，将贪腐官员尽数罢免，选拔品行端正、有才干的儒生填补空缺。
针对流离失所的百姓，他下令修建临时居所，发放粮食，还组织医者为患病百姓诊治。
为了恢复生产，他鼓励农民回归土地，减免赋税，甚至亲自到田间查看农情。
在军事上，他招募乡勇，组建军队，聘请有作战经验的将领训练士兵，多次击退黄巾军的进攻，一度稳定了北海的局势。
更值得一提的是，孔融始终不忘传承文脉。
他在北海设立学校，聘请名儒郑玄等讲学，收录因战乱失学的子弟，为他们提供衣食和书籍。
他常说：
“乱世更需教化，若文脉断绝，国将不国。”
在他的推动下，北海虽处战乱之中，却形成了“弦歌不辍”的景象，许多学者慕名而来，使北海成为当时北方重要的文化据点。
建安元年（公元196年），袁绍之子袁谭率军围攻北海。
当时孔融麾下兵力不足千人，而袁谭大军有数万之众。
孔融亲自登上城楼指挥作战，他身先士卒，带头搬运守城物资，士兵们深受鼓舞，奋勇抵抗。
城内兵少粮尽时，士兵们只能以野菜充饥，甚至有人因饥饿而倒下，孔融却依旧凭几读书，谈笑自若，以此稳定军心。
他对左右说：
“袁谭虽势大，却师出无名，天道助顺，我们必能坚守到底。”
然而，实力的悬殊终究难以弥补。
在坚守数月后，北海城破，孔融趁夜突围，妻儿皆被袁谭所俘。
这场坚守虽以失败告终，却彰显了他“临危不乱”的士人风骨。
当时的名士王朗评价：
“孔北海守孤城，抗强敌，虽败犹荣，其志可嘉。”
建安元年，汉献帝迁都许昌，孔融被征召为将作大匠，后迁少府，成为朝廷重臣。
此时的曹操已迎奉天子，挟制朝政，孔融虽为曹操所召，却始终以汉室忠臣自居，与曹操的矛盾逐渐浮出水面。
曹操击败袁绍后，其子曹丕纳袁熙之妻甄氏为妾。
此事在当时看来有违伦理，孔融得知后，写信给曹操，称“武王伐纣，以妲己赐周公”。
曹操起初不解其意，以为是自己未曾见过的典故，便询问出处，孔融答道：
“以今度之，想当然耳。”
这番话明里是调侃，实则暗讽曹操父子不顾伦理纲常，将他人之妻据为己有。
曹操何等精明，自然明白其中深意，心中颇为不满，但碍于孔融的声望，只得隐忍不发。
建安十二年（公元207年），曹操北征乌桓，意在平定北方边疆，消除后患。
这本是有利于国家稳定的举措，孔融却上书嘲讽：
“大将军远征，萧条海外。昔肃慎不贡楛矢，丁零盗苏武牛羊，可并案也。”
他将曹操
