胡亥诬告李斯“他的儿子李由和陈胜、吴广勾结”。胡亥信以为真，把李斯逮捕入狱。在监狱里，赵高对李斯严刑拷打，李斯受不了折磨，被迫承认了“谋反”的罪名。秦二世二年（前208），李斯被判处“具五刑”——先在脸上刺字、割掉鼻子、砍掉左右脚趾，再拦腰斩断，最后把头颅砍下来示众，他的家族也被满门抄斩。
李斯死后，赵高被任命为中丞相，朝中无论大事小事，都由赵高决定。官员的任免全凭他的心意，奏章的批阅全由他决断，连胡亥都成了他手里的傀儡。
秦二世三年（前207），咸阳宫的议事大殿内，赵高牵着一头鹿，慢慢走进殿中，向胡亥进献：“陛下，我最近得到一匹宝马，特意来献给陛下。”
胡亥揉了揉眼睛，看着眼前的鹿，笑着说：“丞相你弄错了吧？这是鹿啊，怎么说是马呢？”
赵高却坚持说：“陛下，这确实是宝马，陛下要是不信，可以问朝中的大臣。”
胡亥疑惑地看向殿下文武百官。大臣们你看我、我看你，片刻的沉默后，一部分大臣马上附和赵高：“陛下，丞相说得对，这就是一匹千里马啊！”另一部分大臣则低下头，不敢说话；只有少数几位正直的大臣，直言道：“陛下，这是鹿，不是马啊！”
胡亥见此情景，竟然以为自己得了“迷糊病”，连鹿和马都分不清，急忙召来太卜（负责占卜的官员）占卜。太卜早就被赵高收买了，谎称：“陛下每年春秋祭祀天地、供奉祖宗神灵时，斋戒不够虔诚，所以才会出现这种情况。陛下要虔诚地斋戒，就能好起来。”胡亥信以为真，躲进上林苑斋戒，把朝政彻底交给了赵高。
而那些直言“这是鹿”的大臣，不久后就被赵高以“诽谤朝政”的罪名逮捕，有的被处死，有的被流放。经过这件事，朝中再也没人敢反对赵高，所有人都对他言听计从——这就是流传至今的“指鹿为马”。
赵高通过这场荒唐的“测试”，彻底清除了朝堂上的反对势力。但这时，反秦天下的义军势力越来越大，秦军节节败退，秦朝的天下眼看就要不保了。
胡亥也察觉到了危机，有一次在宫里看到关东起义的战报，忍不住对赵高抱怨：“丞相既然帮我治理国家，怎么让反贼这么猖獗呢？”赵高见胡亥已经有了不满，担心他以后会追究自己的责任，就决定先下手为强——杀掉胡亥，另立一个傀儡君主。
他暗中召集女婿阎乐（当时任咸阳令）和弟弟赵成（当时任郎中令），密谋道：“皇上现在想把灾祸推到我们家族身上。我想废掉皇上，改立公子婴为君主。”三人商量好，由赵成在宫里制造混乱，阎乐率领军队进宫，一起杀掉胡亥。
秦二世三年八月，阎乐率领一千多名士兵，以“追捕盗贼”的名义，冲入胡亥居住的望夷宫。宫里的侍卫猝不及防，有的被杀，有的逃跑。阎乐率领军队直逼胡亥的寝宫，一箭射中了胡亥的帐幕。
胡亥吓得魂飞魄散，急忙召唤身边的侍卫，却发现身边早就空无一人。他看着手持刀剑的阎乐，颤抖着问：“你为什么闯进宫殿？”
阎乐厉声回答：“你骄横放纵，杀人无数，不讲道义，天下人都背叛了你，你自己看着办吧！”
胡亥此时还抱有幻想，哀求道：“我想见丞相，行吗？”
阎乐拒绝：“不行！”
胡亥又问：“我愿意做一个郡的王，行吗？”
阎乐摇了摇头：“不行！”
胡亥再退一步：“我愿意做万户侯，行吗？”
阎乐还是拒绝：“不行！”
最后，胡亥绝望地说：“我愿意和妻子儿女做平民，像其他公子一样，行吗？”
阎乐冷笑着说：“我奉丞相的命令，为天下人诛杀你，你说再多也没用！”说完，挥剑示意士兵上前。
胡亥望着冰冷的刀剑，终于明白自己不过是赵高的傀儡。他长叹一声，拔剑自杀，享年二十四岁。这位秦朝的二世皇帝，最终在自己亲手缔造的暴政和赵高的阴谋中，结束了短暂而荒唐的一生。
胡亥死后，阎乐向赵高汇报。
