了朝政，开始了“废立皇帝、屠戮百姓”的独裁统治。
董卓掌权后，为巩固自己的地位，决定废黜少帝刘辩，改立陈留王刘协（即汉献帝）。
他在朝堂上召集文武百官，宣布自己的决定，满朝文武皆因畏惧董卓的权势而不敢反对，唯有卢植挺身而出，厉声说道：“昔太甲既立不明，伊尹放之桐宫；昌邑王嗣位，淫乱无度，霍光废之。今上富于春秋，行未有失，非前事之比也。”
卢植的话，既引用儒家经典中的“伊尹放太甲”“霍光废昌邑王”典故，说明废立皇帝需有正当理由，又直接指出少帝并无过错，董卓的行为不合礼法，堪称“冒天下之大不韪”。
董卓见卢植竟敢当众反对自己，勃然大怒，当即下令将卢植处死。
幸得侍中蔡邕（蔡文姬之父）与议郎彭伯求情，蔡邕对董卓说：“卢尚书海内大儒，人之望也。今先害之，天下震怖。”
董卓虽残暴，但也深知卢植的声望，若将其杀害，必失天下民心，于是便赦免了卢植，将其贬为庶民，勒令其离开洛阳。
卢植深知洛阳已是是非之地，若继续停留，必遭董卓迫害。
他在被贬后，并未回到家乡涿郡，而是选择前往幽州（今河北北部、辽宁南部一带）隐居。
当时的幽州，虽远离洛阳的政治旋涡，但也已陷入军阀割据的混乱之中——公孙瓒（卢植的弟子）与袁绍正在争夺幽州的控制权，百姓流离失所。
卢植在隐居期间，并未置身事外，而是时常向当地官员提出“安抚百姓、稳定秩序”的建议，力所能及地帮助流离失所的百姓，展现出儒家“达则兼济天下，穷则独善其身”的处世之道。
公元192年，董卓被王允、吕布诛杀，东汉朝廷暂时恢复了表面的稳定。
汉献帝念及卢植的忠诚与功绩，下令征召卢植回京，任命其为尚书。
此时的卢植已年近花甲，身体日渐衰弱，但他仍以国事为重，毅然回到洛阳任职。
在担任尚书期间，卢植多次向汉献帝提出改革朝政的建议，如“整顿吏治、减轻赋税、安抚流民”等，希望能挽救东汉王朝的危局。
然而，此时的东汉朝廷早已名存实亡，各地军阀拥兵自重，汉献帝沦为傀儡，卢植的建议根本无法得到实施。
公元192年年底，卢植因积劳成疾，在洛阳病逝，享年五十四岁。
临终前，他留下遗愿：“殓以时服，葬于土穴，勿起坟茔，勿设祭祀。”
这种简朴的丧葬方式，既体现了他一生“淡泊名利、崇尚节俭”的品格，也暗含对东汉末年奢靡腐败之风的无声批判。
卢植的一生，虽未如曹操、刘备那般建立霸业，也未如诸葛亮那般留下“鞠躬尽瘁，死而后已”的千古绝唱，但他以“经学大师”“军事良将”“名师典范”三重身份，在东汉末年的乱世中留下了不可磨灭的印记，其影响贯穿整个三国时代，甚至延续至后世。
东汉末年，由于战乱频繁，儒学经典的传承面临中断的危机。
卢植作为当时的经学泰斗，不仅在年轻时深入钻研经学，还在晚年即便身处乱世，仍坚持讲学授徒，将儒家经典与思想传承给后辈。
他曾参与编撰《汉记》（东汉官方史书），对《礼记》进行注释，其经学着作《礼记注》虽已失传，但从《后汉书》《三国志》等史料的引用中，仍可看出其对经学的独到见解。
卢植的经学研究，既注重对传统经典的坚守，又强调“通经致用”，为后世儒学的发展提供了重要的思想资源。
魏晋时期的玄学虽对儒学有所冲击，但卢植所倡导的“儒道兼修”“经世致用”的理念，仍对当时的士大夫阶层产生了深远影响。
卢植最为人称道的，莫过于他培养出了刘备与公孙瓒两位弟子。
刘备在卢植门下学习期间，虽未完全习得经学的精髓，却深受卢植“仁政”思想的影响。
