捷报，随后趁机拿出朱寘鐇的叛乱檄文，向武宗揭发刘瑾的罪行，包括擅权干政、贪腐受贿、图谋不轨等。
武宗起初并不相信，说道：“刘瑾已经侍奉我十几年，怎么会谋反呢？”张永急忙说道：“陛下若不信，可亲自去刘瑾府中查看，必有收获。”武宗半信半疑，当即下令禁军包围刘瑾的府邸。次日凌晨，武宗亲自率领禁军前往刘瑾府中搜查，结果查出了大量的金银财宝、古玩字画，还有伪玺、衣甲、弓弩等违禁物品——其中，一把扇子的扇骨中竟藏有两把袖珍匕首，这把扇子刘瑾伴驾时经常携带，这让武宗勃然大怒，说道：“刘瑾果然谋反！”当即下令将刘瑾关进诏狱。
刘瑾被关入诏狱后，朝中大臣纷纷上书弹劾刘瑾，揭发他的罪行。武宗下令三司会审刘瑾，刘瑾起初还想狡辩，但在大量的证据面前，他最终无言以对。正德五年（1510年）八月，武宗下旨，将刘瑾凌迟处死，其家族成员也被处死或流放，刘瑾的党羽也被一网打尽，内行厂随之被撤销。
刘瑾的凌迟之刑，共持续了三天。第一天，刽子手割下刘瑾的十多片肉，刘瑾还能说话，他对围观的百姓喊道：“我刘瑾一生富贵，今日一死，也算值了！”但到了第二天，他便因失血过多，无法说话，只能发出痛苦的呻吟。第三天，刘瑾终于气绝身亡，他的尸体被百姓们分食，以泄心头之恨。据史料记载，刘瑾被抄家时，查出的金银财宝折合白银超过一亿两，而当时明朝一年的财政收入还不到三百万两，其贪腐程度令人震惊。
刘瑾绝对算的上是一个大奸大恶之人，可就是他这样的恶人也做过好事，戏曲《法门寺》里讲述了这样一个故事：
明朝正德年间，民女孙玉姣与青年军官傅鹏互生情愫。一日，傅鹏将一只玉镯赠予孙玉姣作为定情信物。不料，这番情景被隔壁的无赖刘彪窥见，他顿生歹意。当天深夜，刘彪潜入孙玉姣家中，意图不轨，却在黑暗中误杀了借宿在此的孙玉姣的舅父褚生和舅母贾氏。惊慌之下，刘彪割下一颗头颅，企图灭迹，在逃跑途中将人头扔进了当地地主刘公道的院子里。
案发后，郿坞县县令赵廉前来勘验现场。他发现了傅鹏遗落的玉镯，便不问青红皂白，武断地认定傅鹏就是因奸杀人的凶手，将其逮捕下狱。傅鹏不堪酷刑，只得屈打成招。
另一边，刘公道发现自家院里多了一颗血淋淋的人头，吓得魂飞魄散。他的小长工宋兴儿恰好撞见此事，刘公道唯恐宋兴儿把这事情说出去，竟狠心将宋兴儿推入院中的朱砂井里杀害，并对外谎称宋兴儿偷了财物后逃跑了。
宋兴儿的姐姐宋巧姣是一位聪慧勇敢的女子，她坚信弟弟绝不会做出偷盗之事，更不会无故失踪，其中必有冤情。她的父亲宋国士前去县衙鸣冤，反而被糊涂县令赵廉斥责轰出。宋巧姣知道县衙已无指望，同时，她也了解到傅鹏的冤案（傅家与宋家曾有交情），决心要为他们伸张正义。
不久，一个天赐良机到来。当朝大太监刘瑾陪同皇太后銮驾到法门寺降香祈福。宋巧姣知道，这是她唯一能直达天听的机会。她不顾性命危险，冲破侍卫的阻拦，冲到法门寺山门前，高声喊冤，叩阍告御状。
这一举动惊动了寺内的太后和刘瑾。刘瑾在另一小太监贾桂的怂恿下，接下了状纸并呈报太后。太后阅状后，深感案情重大，怜悯百姓冤屈，便命权倾朝野的“九千岁”刘瑾亲自过问此案。
刘瑾立刻将郿坞县令赵廉召至法门寺，对他百般训斥，限他三日之内查明真相，否则严惩不贷。赵廉吓得魂不附体，回去后重新彻查此案。他仔细推敲，发现了诸多疑点，终于捉拿了真凶刘彪。刘彪在证据面前招认了杀人罪行。紧接着，赵廉又审讯刘公道，并从其院中的朱砂井内打捞出了宋兴儿的尸骨。刘公道见事情败露，也只得认罪伏法。
至此，两桩冤案真相大白。最终的结局是：
真凶刘彪、刘公道被判处极刑，得到了应有的惩罚。
糊涂县令赵廉虽断案不明，但因最终查清了案件，被刘瑾赦免，官复原职。
蒙冤的傅鹏被无罪释放。<
