学院众人开始与天使们共同商讨对策。在研究过程中，琪琳通过精密仪器探测到地球极地地区有异常的暗物质波动，怀疑那里藏着敌人下一步的计划关键。
葛小伦、彦带领队伍前往极地。刚抵达，就遭遇了强力的能量屏障阻拦。葛小伦和彦合力冲破屏障，却发现里面是一个巨大的能量转换装置。此时敌人出现，双方展开激烈战斗。葛小伦进化后的身体爆发出前所未有的力量，彦也展现出天使的神圣之力。最终，他们成功摧毁装置，敌人见势不妙撤退。超神学院和天使的联军士气大振，继续为保卫地球严阵以待，准备迎接更多未知的挑战。
就在超神学院和天使联军积极备战之时，地球上突然出现许多空间裂缝。从裂缝中传出诡异的能量波动，一些奇形怪状的生物爬了出来。这些生物像是融合了多种种族的特征，实力极为恐怖。
葛小伦等人立刻投入战斗，但发现常规手段很难对其造成伤害。这时，彦提出也许需要找到这些生物诞生的源头才能彻底解决。经过一番探寻，他们发现所有空间裂缝的根源指向一颗遥远星球。
葛小伦当机立断，决定带领一支精英小队前去那颗星球调查。到达星球后，他们发现这里到处都是黑暗的实验设施，原来这是黑暗势力培育新型生物兵器的基地。
正当他们要破坏基地时，基地的防御系统启动，各种致命的攻击袭来。葛小伦挺身而出，以自己的身躯护住队友，同时借助队友的力量发动最强一击，成功摧毁了基地核心。所有空间裂缝消失，那些恐怖生物也随之消散。超神学院和天使联军再一次守护了地球，他们深知保卫地球任重道远，丝毫不敢放松警惕。
就在大家以为可以松口气的时候，地球周围的空间突然扭曲起来。一艘散发着幽冷蓝光的飞船缓缓浮现，船身上刻满了古老而神秘的符文。舱门打开，走出一群身着银色铠甲，眼神冷漠如冰的生物。他们自称是幻族，来自遥远的幻之星域。幻族宣称地球的暗物质影响了他们星系的能量平衡，要求地球交出所有暗物质储备。超神学院众人当然不会答应，战争一触即发。葛小伦尝试与他们沟通，却被对方视为软弱。战斗开始，幻族展现出奇特的能力，他们能制造逼真的幻境迷惑对手。不少超神学院战士被困其中，葛小伦依靠强大的意志力挣脱幻境，他冲向幻族首领。在激烈交锋中，葛小伦发现幻族力量虽强，但依赖一种名为幻晶的能源源物。他通知蔷薇悄悄绕到后方，抢夺幻晶。蔷薇得手后，幻族顿时大乱。超神学院抓住机会全面反攻，最终幻族无奈撤离，地球再次度过危机，而超神学院众人明白，保卫地球的征程永远充满变数。
在幻族离开后，超神学院开始深入研究从幻族夺得的幻晶。琪琳发现幻晶蕴含着独特的空间属性，可以用来强化现有的防御体系。就在众人忙于此项研究时，地球的通讯卫星监测到外太空出现了一组神秘的脉冲信号。这组信号似乎带有某种召唤性质。
葛小伦担心这又是新的敌袭前奏，于是带领几个伙伴乘坐小型飞行器顺着信号来源方向探索。当接近目标区域时，他们看到了一个巨大的星云旋涡，周围环绕着闪耀的晶体碎片。
突然，从旋涡中射出数道牵引光束，直接锁住了他们的飞行器。尽管葛小伦极力抵抗，但还是被拖进了旋涡之中。进入旋涡内部，他们发现这里是一个古老的遗迹，四周布满了类似生物化石般的结构。就在此时，一个空灵的声音回荡在遗迹中：“你们闯入了不该闯入的地方，不过或许你们能成为解开谜题的关键……”众人紧张起来，做好战斗准备，等待着未知的挑战降临。
葛小伦大声回应：“我们无意冒犯，只是追踪信号来到此处。”那空灵声音轻笑：“不管如何，你们既然来了，就得接受考验。”突然，周围的化石结构亮起光芒，化作一个个机械傀儡向他们扑来。葛小伦等人立即反击，可这些傀儡越打越多。琪琳发现这些傀儡由遗迹中的特殊能量驱动，她告诉葛小伦必须找到能量源切断才行。葛小伦一边抵挡傀儡攻击，一边寻找能量源。他发现能量波动在遗迹中心最为强烈，便奋力杀过去。途中，
