崇祯十七年，八月二十八日，福王朱由崧在南京武英殿正式继皇帝位，改明年为弘光元年，并开始任命内阁。
马士英作为首要功臣，被加东阁大学士、兵部尚书，右副都御史衔，同时还是江北总督，节制江北兵马，入内阁，为首辅。
阮大铖被重新启用，加东阁大学士加太子太傅兼礼部尚书，入内阁，钱谦益加东阁大学士兼户部尚书加太傅，入阁办事。
赵之龙由忻城伯升为忻城候加太子太保，同时出任京营总督，统领京营，刘泽清封为东平候，仍坐镇淮安，提防山东。
刘良佐为广昌候，仍然镇守凤阳，还未赶到的高杰，被封为兴平候，坐镇徐州，同刘泽清一起防备山东。
黄得功赐玉带蟒袍，仍然镇守庐州，远在武昌的左良玉，也被晋升为宁南候，赐玉带蟒袍，镇守武昌。
朱慈烺仍是大明皇太子，天下兵马大元帅，经略山东，弘光帝朱由崧称只是应群臣和宗室勋贵要求，代掌皇帝位，将来必定传于太子。
同时废除了朱聿键的监国之位和一系列执政改革的政策，各州府人事保持不变，宗理院保持编制，由崇王朱常润担任宗理令。
朱聿键执政时，原本的总理令是老周王朱恭枵，老周王无论是威望还是贤明，都是所有亲王中最高的。
但听闻群臣要逼走朱聿键，并拥立朱由崧之后，老周王因年老体迈，竟气的昏厥了过去，而宗室之内除了老周王，其余人都对太子有意见。
于是新推上来的宗理令，第一时间传信支持福王，并代表宗室劝进朱由崧，因为宗理院保持了地位，有了发言权。
两天后，朱聿键等人收到南京的消息，这时候他们正准备离开镇江，准备在长江水师的护卫下，由海路南下福州，这是根据何新的提议来实施的计划。
本来众人欲前往山东，与太子汇合，何新却说太子多次提及福州的重要性，福建山高水深，关隘重重，不如将其经略为后方。
太子曾多次提及要稳住福建总兵郑芝龙，于是何新在南京时，就刻意调查了一番，南京也有许多福建的商人和官员。
一查才知道，郑家不仅拥有强大的舰队，还有海贸带来的富可敌国的财富，令何新非常震惊，联想到太子带走郑芝龙的独子郑森。
何新便猜到了太子的用意，于是和朱聿键说明情况，劝他前往福州，制衡郑芝龙，也可为太子留下一个退路。
朱聿键搞清楚事情的原委之后，毫不犹豫的就同意了何新的建议，而恰逢这时，镇江总兵官是郑芝龙的弟弟郑鸿逵，因此众人来到了镇江。
何新向郑鸿逵说明了情况，并画了不少大饼，称很看重郑家，暗示郑家很有可能是大明第二个徐家，加上郑森确实被太子召到身边去了。
在郑鸿逵看来，南京的朱由崧和群臣就是一帮跳梁小丑，太子在山东拥兵近十万，且在对抗清军中可以取胜。
靠江北几路总兵撑场子的弘光帝算什么东西，这不是正好给郑家立功的机会吗？于是更加坚定了信心。
郑鸿逵立即召集所有的兵马和船舰，收拾东西离开镇江，同长江水师一起，由松江府入海，向福州驶去。
离开之前，朱聿键派人沿着由扬州沿着运河北上，将认罪书和前往福州的消息，快船一同送往山东给朱慈烺。
五天之后，消息便传到济宁，朱慈烺看过之后，也是大为震惊，难道这是历史的惯性？朱由崧还未登基，年号依旧是弘光。
这个时候，吴长喜已经领着南归的众人返回了济宁，朱慈烺根据每个人的情况，进行了相应的工作安排。
堵胤锡具有较强的战略眼光和谋略，直接入阁，进入核心决策层，宋应星则是进入了军器局，担任军器局督局和研发处长。
他的好友涂绍煃则是顶替宋企郊空出的位置，担任军器局行政司长，精通火器制作研发的的陈康达也一并进入研发处。
朱慈烺在此之前，单独召见了宋应星，与其长谈之后，亲自带他参观了军器局，宋应星听了朱慈烺宏图之后。
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