混沌缓冲带建立的第二年，漫游者向星团联盟交付的混沌晶核中，出现了异常的能量波动。莉娅的共生智脑在检测时发现，部分晶核的核心夹杂着一丝极微弱的“湮灭因子”——这种因子与当年无属性混沌的特性相似，却更加隐蔽，能在能量转化过程中缓慢侵蚀设备的结构稳定性。
“是深渊之影的残留意识在作祟。”阿明将晶核样本放在星团之心的节律探测器下，屏幕上的湮灭因子在节律波动中疯狂跳动，却始终无法被完全消除，“漫游者虽然能净化混沌能量，却没能察觉这种藏在核心的因子，它们就像依附在果实上的毒瘤。”
消息传到漫游者的漂流方舟，首领的能量体因自责而剧烈颤抖。他带领最资深的混沌转化师反复检查净化流程，最终发现问题出在新开辟的“混沌猎场”——那里的余烬能量中，混杂着未被彻底封印的深渊之影碎片，这些碎片在被吸收时，将湮灭因子悄悄注入了晶核。
“我们愿意承担所有损失。”首领的声音带着沉重的歉意，他提出用漫游者最珍贵的“混沌之心”——一块凝聚了千年净化经验的能量结晶，赔偿联盟因设备损坏造成的损失，“但请相信，这不是我们的本意，我们与深渊之影有着血海深仇。”
星团联盟的议会再次陷入争论。防御派认为这是驱逐漫游者的最佳时机，混沌晶核的风险已远超其价值；探索派则主张帮助漫游者改进净化技术，毕竟湮灭因子的发现，也让联盟对深渊之影的残留有了更深入的认识。
阿明亲自前往漫游者的方舟，看到他们为了清除湮灭因子，正用自身的平衡之力强行过滤晶核，许多年轻的漫游者因能量过载而濒临消散。首领告诉阿明，漫游者的祖先曾是星网文明的分支，当年为了掩护主力撤退，主动引开深渊之影，才被迫在混沌中演化出适应能力。
“我们一直在寻找回归共生的道路，只是早已忘记了最初的模样。”首领的能量体将混沌之心捧到阿明面前，结晶中浮现出模糊的星网丝线纹路，“这块心核里，藏着我们对平衡的渴望，或许它能帮助你们彻底消除湮灭因子。”
阿明将混沌之心带回平衡原点，与新共生树的根系连接。奇迹发生了：心核中的星网纹路与树身的丝线产生共鸣，催生出一种能吞噬湮灭因子的“净化菌丝”。这种菌丝既保留了星核树的平衡之力，又具备漫游者转化混沌的特性，将其注入晶核后，湮灭因子果然被彻底清除。
“这是你们祖先的共生记忆在指引。”阿木望着菌丝在晶核中蔓延的影像，眼中闪过了然，“漫游者从未真正脱离共生网络，只是走了一条更艰难的路。现在，该让他们重新找回属于自己的位置了。”
联盟与漫游者共同启动了“根源净化计划”：由漫游者带领星团的平衡护卫队，深入混沌猎场清除深渊之影碎片；联盟则提供净化菌丝的培育技术，帮助他们升级净化流程。在行动中，双方创造出无数新的共生战术：漫游者用混沌能量引诱碎片暴露，护卫队则释放净化菌丝将其包裹，两者配合默契，仿佛演练了千百次。
代价也随之显现。混沌猎场的深渊碎片比预想中更密集，为了掩护队友撤退，三名漫游者长老主动引爆了自身的混沌能量，与大片碎片同归于尽；联盟的五艘共生舰被湮灭因子侵蚀，最终在星团之心的节律掩护下自毁，避免污染扩散。
“每次靠近深渊的核心，都要付出相应的代价。”阿明在纪念仪式上，将牺牲者的能量印记刻在混沌缓冲带的纪念碑上，“但这些代价不会白费，它们会像净化菌丝一样，在共生的土壤中扎根，提醒我们和平的珍贵。”
根源净化计划的成功，让混沌晶核成为星团联盟的重要能源。卡姆带领的技术团队，用净化后的晶核改良了星尘生物的能量核心，让它们的跨维度能力提升了一倍；雾隐族则将晶核与时空褶皱能量结合，创造出能瞬间传送小型物体的“混沌之门”。
漫游者虽然仍未加入星团联盟，却与联盟达成了更深层次的信任。他们的年轻一代开始进入星团的共生学院学习，星团的传承者也会登上漂流方舟，学习混沌转化的技巧
