七月二十日，大元帅府宣布取缔一切鼓吹对齐战争、赞成或助长倭国建立霸权的极端民族主义政党，其中包括大政翼赞会、红龙会等17个臭名昭著的组织，对其进行严厉整肃。
八月，列入整肃名单的团体增加到一百个，超过三万三千名武士、大名遭到审判，九百多人被审判处死，超过五千人被流放、监禁。
十二月底，对幕府体制的清算基本宣告结束。
董邵伟觉得这些尚且不够，考虑到齐日战争结束前夕，倭国尚有超过八十万军队和数量可观的民间军事组织，董邵伟下令九十天内所有大名、武士必须无条件解除武装，向所在地的驻扎齐军交出武器，否则以叛乱分子处理。
景炎二十一年二月，除少数负隅顽抗分子进入富士山负隅顽抗，剩余约七十八万武士、足轻陆续向齐军交出武器。
销毁倭人武器的任务交给了第二十八兵团，他们焚毁了所有弹药库，点燃了飞艇，数百万计的火炮、步枪、手雷被投入日本海，一起被摧毁的还有无数军工厂和海军码头，飞艇基地等。
此外，惩罚战犯、对天皇幕府的审判也在通判进行。
对樱町天皇和德川吉宗的审判工作也在紧张地进行。
三月初，董邵伟宣布逮捕樱町天皇、德川吉宗等首批39名甲级战犯，四月底又逮捕了104名甲级战犯；景炎二十一年六月初，大元帅府临时军事法庭成立并开始审判这些战犯。同月，法庭判处天皇及征夷大将军等25人绞刑，16人无期徒刑，剩余战犯则被判处从十年到五十年不等的有期徒刑。
这些挑起齐日战争，妄图颠覆大齐的罪人终于得到了应有的惩罚。
四月，天心城方面运来的粮食逐渐供应不足，粮食危机越发弥漫，在董邵伟的请求下，各省总督巡抚开始号召渔民将鱼获运送长崎，大元帅府代表天心城在长崎港口以市场价收购。
大批海豚、鲸鱼、海豹被捕捞上来，运送至倭国，成为倭人餐桌上的主要食物，在一定程度上解决了各地粮食问题。
九月，第二批共计五百艘大船满载粮食马草抵达长崎港口。
倭国粮食问题终于得到了初步解决：在这之后，倭国民众开始喜欢和信任董邵伟，喜欢这个名副其实的倭国太上皇。
为了避免倭国全面崩溃，大元帅当局决定立即在倭国实施农地改革，以平息农民对没有土地的严重不满。
当年年底，在驻守十万多名齐军战兵的保护下，大元帅府颁布第一份倭国农地改革方案，并于次年二月份得到天心城方面肯定。
该方案规定：由大院府负责强行收购离村地主的全部出租地；在村地主超过1町步以上、自耕农超过3町步以上，以及其他经由各缴农地委员会决定的土地也都在收购之列；收购后的土地，按照低价出售给无地或少地的佃农，原租佃农户有优先购买权；残留的出租地的地租由过去的缴纳实物改为缴纳现金，地租率水田不得超过产值的25%，旱地不得超过15%。
