费与资源，常出现 “各自为政” 的现象。
朱奠培按朱权的建议，在五都督府之上设立 “军事委员会”，由内阁总理兼任委员长，成员包括五都督府大都督及三名非军方背景的战略顾问。
委员会的核心职能是 “制定五年军事规划”，明确各都督府的职能边界：海军都督府专注于太平洋舰队的建设与维护，陆军都督府负责陆地防务及边疆治理，空军都督府承担侦察与通讯任务。
禁军都督府负责都城及皇室安全，锦衣都督府则保留情报收集与反间谍职能，但需定期向内阁提交工作报告。
军费分配机制的改革尤为关键，朱权在《宁政革新策》中指出：“军费若由皇帝随性拨付，必致军队私化。” 宁国因此建立 “军费预算制度”，每年由军事委员会根据五年规划，制定详细的军费开支方案，经内阁审议后提交国务会议表决。
通过后方可纳入国家财政预算。预算中明确 “人员薪资占比不低于 40%，装备采购不超过 35%，训练经费不低于 20%”，避免了以往 “重装备轻人员” 的弊端。改革首年，陆军士兵的月饷平均提升 15%。
第三步是调整经济治理模式。朱权时代的经济政策，以 “重农抑商” 为基调，虽提升了工部地位，但对私营工商业的限制较多，商人需经 “市舶司” 与 “工部” 双重审批方可开业，且需缴纳高达 20% 的 “经营税”。
接管夏国疆域后，夏国旧地的工商业基础与宁国的传统政策产生冲突，多地出现 “商人罢市” 现象。
朱奠培按朱权 “农商并重” 的指示，颁布《工商条例》，废除双重审批制，改由 “商务部” 统一管理；将经营税降至 10%，但新增 “累进所得税”—— 年利润超过万两白银的商户，需额外缴纳 5% 的税款，用于补贴中小商户。
