在建立完善的军事教育之后，就是对于现有的武官和朝廷的军事指挥体制予以调整了，之前在朱载坖的主持下，对于大明官军建立了两套指挥体系，第一套是对于镇协官军的水师的，由练兵军务处予以指挥，包括总理水师衙门等，有关于镇协官军的指挥、调度，都是通过练兵军务处来负责实施的。
而第二套指挥体系就是兵部、五军都督府所领导，对于地方各都司卫所的官军进行管理的指挥体系。
朱载坖首先对于镇协官军的指挥、管理体制进行了改革，和张居正之前所担心的一样，朱载坖一样认为现在总兵、提督的权力过重，基本上对于指挥是一言堂，这点显然不是朱载坖所需要的，随着大明官军的火器化程度逐渐提升，对于官军来说，所需要的技术水平也就更高了，尤其是炮兵等兵种，需要军官们有良好的计算能力，而且后勤的重要性也上升了。
还有各军兵种之间的配合，平时对于士卒训练的监察等等，这些事情，总兵、提督等不可能一人就干了，所以相应的专业军官和官军的内设机构也要加以组建。
官军的主要作战单位是镇，镇也是官军遂行攻防的基本单位，所以说朱载坖的改革方向也主要是从镇开始的，在每镇设立三个下属机构，其一，参谋司，其下有军务、作训、机要、通讯、情报、侦察等下设机构，主要负责官军的日常训练、调度、作战计划的制定与执行；其二，后勤司，负责官军的后勤保障，军粮、军饷以及军器、甲胄、装备、弹药的发放、储存、运输和计划；其三，镇抚司，主要负责整肃军纪，训练监察，对于士卒的教育，反间防谍，对于各级军官的监察等。
这些专门机构负责协助总兵、副将、参将等官军高级将领们处理军务和军队日常事务，实现军队的专业化，同时这些机构的主官等由朝廷任命，即便是总兵、提督等大将，也只有建议权，而没有决定权，尤其是镇抚司，负责监视各级将校，整肃军纪，执行军法，直接对皇帝负责，镇抚司的急递直接通过锦衣亲军的呈递给皇帝，加强朝廷对于边镇的控制。
同时也要通过后勤对于边镇大军予以控制，在新的体制之下，后勤司负责官军的后勤事务，每季度向练兵军务处和所在地总督汇报官军的粮秣、弹药、军器等消耗情况，总督等大员也要随时检查官军的战备情况，朝廷也会责成卫尉寺对于官军的粮饷、弹药、军器储备情况予以掌握，尤其是军器和弹药的储备，既要保证官军的日常训练和作战，也要保证不能对朝廷构成威胁，这点是很关键的。
除了对于镇协官军进行改革之外，都司卫所也是朝廷的的重点改革方向，首先就是五军都督府，作为卫所的最高管理机构，分领在京除亲军指挥使司外的各卫所和在外各都司卫所。本来权力是很大的，但是在土木之变后，兵部逐渐侵夺五军都督府的权力，在朱载坖即位之后，五军都督府的权力得以加强，但是仍旧受到兵部极大的制约。
朱载坖首先要调整的是五军都督的管辖范围，最开始五军都督府分领各都司是不按地域划分的，但是后来发现这样确实是不便，所以不久就调整为以地域为主体的隶属关系。大致是后军都督府———华北各都司、行都司、左军都督府———华东／东北各都司、右军都督府———西部各都司、前军都督府———华南／华中各都司、中军都督府———河南／徐州以南杭州湾以北各都司和留守司，除左军都督府辖区被中军都督府下南京以东各卫所切断外，其它都督府所辖都司的地域性很强。
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