这些海盗的构成，因为现在倭寇应该是不多了，现在还活跃在海上的，恐怕主要是大明和西洋海盗，朱载坖当然不会放过他们。
朱载坖发布诏书要求这些海盗限期向官府投降，否则朝廷就会出动水师将他们予以剿灭。
除了这些事情之外，就是要求吏部、户部重新对于大明的府州县予以划分，现在大明的府州县，都是大明初年所设立的，现在人口滋生，经济情况也有所变化，在这种情况之下，原有的府州县可能并不能够适应朝廷的管理，尤其是些内地卫所，在大明初年也许人口并不多，但是经过这么多年的发展，人口繁盛，就如同之前的天津三卫一样，卫所已经不再能够适应当地的情况了，所以朱载坖命令吏部和户部查照情况，设立相应的府州县，加强对于地方的控制。
然后就是巡检司的设立，之前朱载坖在北直隶广设巡检司，将没有户帖路引的流民强制向辽东等地迁移，现在朱载坖要推行这一办法，不仅仅实在京师、北直隶等处，在大明各地的交通要道，州县农村，都要设立巡检司，一来是维护地方的治安，处理在地方的为非作歹的这些流氓等人，同时对于那些到处流窜的流民，也要予以强制收容，将他们遣送到需要屯垦的地方去，为大明屯垦戍边。
对于城市里的打行等流氓团体，朱载坖也要求予以严惩，南北两京有五城兵马司和锦衣亲军负责，各地有各府州县衙门负责，将这些无业游民该遣送的遣送，涉案的依律审断之后交各处朝廷开设的矿场帮朝廷开矿，在朱载坖的严厉打击之下，京师等地的治安情况为之一变。
除了城市中的这些流氓之外，在北方还有大量的所谓绿林豪杰，这些人啸聚山林，打家劫舍，往往仗着自己所谓的山寨地势险要，朝廷不愿意出动大量官军去剿灭他们，地方官府仅凭手头的衙役又不能够剿灭他们，所以他们的日子过得很逍遥，但是朱载坖不会让他们这么逍遥下去了。
朱载坖命令出动京营、亲军诸卫和班操京军，对于整个北方的土匪流寇予以全面的肃清，将其中的匪首予以严惩，其余的人充作苦力，用于朝廷的筑路工程。
而南方各省则是出动本镇官军，清剿这些土匪，保障商路的通畅。
