惩治腐败，他增加了督察院的人手，向每个省派出巡按御史。又在御史台门口、各巡按衙门口立“登闻鼓”，令专人轮值记录。
税收方面，他派人去各地编制鱼鳞图册，核实各地的牧场、田亩、人口数量，将牧业和农业的税率定为十分之二，矿业税定为十分之一，关税、手工业税定为百分之五，商业税定为三十分之一，盐税每斤抽二十二文；取消了城门税、抽分税、徭役及各种杂税，将徭役改为雇役。
废除了矿禁，除了金银铜这样的战略性矿产，其他矿种均允许民间开采，一时之间民间采矿成风。
清查盐务，收缴了盐税。
奖励耕织，令钦天监推广《崇祯历书》、翻译各国农书，亲自颁布劝农诏令，令礼部、户部下发各地，鼓励百姓垦荒，规定荒田归开垦者所有，引进了番薯等高产作物。
命工部督水、屯田二司以及各省分管水利的官员，在各地大修水渠、堤坝。其中西域布政使昆噶敖德斯尔因为修建水利得力，受到了表彰。
重视科技创新，命钦天监推广各类科技知识，在国子监开办各种科技学科。
军事方面，颁布军规，申明军纪；加强训练，令各部不分战兵、守兵，勤加操练，规定每三、六、九为大操；奖励军功、抚恤伤亡，改斩获首级记功为镇抚官登记记功；加强武备，在兵部增设了专门的武备司，下设战马、火器、兵甲、军需、舰船五科，制定制度确保质量，重奖发明创造。
令工部督导修缮各地驿路、规定民间田租最高只能收取十分之二，借贷最高只能收取十分之一。
主张信仰自由、各大教派和平共处，允许儒、道、佛各家传道。
鼓励蒙、汉、回、哈萨克、吉尔吉斯各民族通婚，明文谕令，异族通婚，官府奖励每对新人羊一只、酒两壶、粮五斗。
