与伊藤在天津会面的情景，那时伊藤还只是个不起眼的使团随员，曾向他请教洋务，如今却成了主宰中国命运的对手。"台湾百姓恐不易服，"李鸿章低声说，"还望贵国善待。"
伊藤博文笑了笑："此乃我国内政，不劳中堂费心。"
消息传到台湾，全岛哀恸。丘逢甲在台中组织"台湾民主国"，推唐景崧为总统，自己任副总统兼义军统领，以"永清"为年号，意为永远臣服清朝，实则是在无援之下的无奈之举。五月初二，日军在基隆登陆，唐景崧率军抵抗三日，终因兵力悬殊弃城而逃，台北陷落。
真正的血战发生在台南。刘永福的黑旗军与丘逢甲的义军并肩作战，在新竹、苗栗、彰化等地与日军展开拉锯。彰化保卫战时，黑旗军将领吴彭年率三百余人死守八卦山，日军以重炮轰击，吴彭年身中数弹，仍高呼"杀贼"不止，最终与全营将士一同战死。日军占领八卦山后，发现清军的尸体堆里，有白发老者，有稚气未脱的少年，还有抱着婴儿战死的妇人（《日清战争实记》第37编）。
丘逢甲在嘉义战役中负伤，看着身边的子弟兵一个个倒下，心如刀割。他的三弟丘逢吉战死在曾文溪，遗体被日军枭首示众；他组织的义军多是农民、渔夫，拿着鸟铳、锄头与装备精良的日军拼杀，却无一人投降。八月，日军逼近台南，刘永福的黑旗军弹尽粮绝，派人向厦门求援，得到的回复却是"朝廷已息兵，不可再添战事"。
九月初三，刘永福在台南内埔庄召集残部，望着空荡荡的营房，老泪纵横："我刘永福征战四十年，从未如此绝望！"他取出仅存的银两分给士兵，让他们各自逃生，自己则在深夜乘英国商船离开台湾。行至海峡时，他回望宝岛，泣不成声："我何面目见台湾父老！"
丘逢甲在城破前带着家人渡海返回大陆，临行前站在海边，望着被日军占领的故土，写下《春愁》一诗："春愁难遣强看山，往事惊心泪欲潸。四百万人同一哭，去年今日割台湾。"此后他终生未再踏足台湾，却始终以"台湾遗民"自居，临终前还嘱咐儿子："葬我须向台湾岛。"
《马关条约》的签订，彻底动摇了晚清的根基。二亿两白银的赔款，相当于清廷三年的财政收入，不得不向俄、法、德三国借款，利滚利之下，债务压得朝廷喘不过气；而台湾的割让，让国人彻底看清了清廷的腐朽——这个曾平定三藩、收复台湾的王朝，如今连祖宗之地都保不住了。
上海的《申报》在条约签订后刊文："我君可欺，而我民不可欺；我官可玩，而我地不可玩。"梁启超在《变法通议》中痛陈："吾国四千余年大梦之唤醒，实自甲午战败割台湾、偿二百兆始。"越来越多的人意识到，仅仅学习西方的船坚炮利远远不够，必须彻底变革制度，才能挽救危亡。
