必诛”四个大字，直到血尽而死，手指还保持着书写的姿势。
顾大章是最后一个离世的。他精通刑狱，知道阉党绝不会让他们活着出去，便想着用自己的方式留下真相。在一个雪夜，他趁狱卒不备，咬破手指写下血书，藏在贴身的棉衣里。血书上详细记载了阉党如何伪造供词、如何施用酷刑，最后写道：“吾等六人，皆为阉党所害。但愿后世君子，知我等冤屈，铲除此獠（指魏忠贤），以安社稷。”写完便投缳自尽。后来这份血书被一位良心未泯的狱卒带出诏狱，辗转送到南都，才让六君子的冤情得以流传。
杨涟的死，最为悲壮。天启五年三月十六日，许显纯得到魏忠贤的密令，要“悄无声息了结此事”。当晚，他命狱卒将铁钉钉入杨涟的耳朵，又用土囊压在他胸口。《杨忠烈公集》收录的狱中绝笔写道：“涟今死矣！痴心报主，愚直仇人……何憾于天，何怨于人？唯我身副宪臣，曾受顾命，孔子云‘托孤寄命，临大节而不可夺’，涟其庶几无愧矣！”这段话就是说：我杨涟今日死了！一片痴心报效君主，因愚直而得罪仇人……对天有何遗憾，对人有何怨恨？只因我身为御史，曾受先帝托孤之命，孔子说“接受孤君托付，面临重大气节考验而不能动摇”，我杨涟大概可以无愧于此了！
据说杨涟断气前，用尽最后一丝力气喊出的，仍是“陛下明鉴”。而此时的熹宗，正在宫中兴致勃勃地打造他的“木制水傀儡戏台”，对诏狱里的惨状一无所知。
六君子死后，魏忠贤还不解气，竟下令“暴尸三日，不许收殓”。杨涟的尸体被拖到诏狱门外时，大雪正纷纷扬扬落下，覆盖了他身上的伤痕。有百姓偷偷上前，想为他盖上一块布，却被锦衣卫厉声喝止。直到数日后，杨涟的儿子杨之易才敢哭着将父亲的遗体运回湖广老家。
《明史》在记载这段历史时，用了“天下冤之”四个字。多年后，崇祯帝即位，为东林六君子平反昭雪。当杨涟的血书被呈到御前，这位试图挽救大明的末代君主读着“痴心报主”四字，不禁潸然泪下。他下旨追赠杨涟为太子太保，谥号“忠烈”，并命人将魏忠贤的生祠尽数捣毁。只是此时的大明，早已在党争与腐败中千疮百孔，六君子用生命守护的江山，终究没能逃过覆灭的命运。
如今，在江苏常熟的东林书院旧址，映入眼帘的是：“风声雨声读书声，声声入耳；家事国事天下事，事事关心。”这副由顾宪成所撰的对联，恰似东林六君子一生的写照——他们或许有政治上的固执，却从未丢失读书人“以天下为己任”的初心。而诏狱里的冤狱，也永远警示着后世：当忠良蒙冤、奸佞当道之时，便是王朝倾覆的前兆。
