贵妃暗中操纵，可没有实证。何士晋再次上奏，请求提审庞保、刘成，万历却批复：“庞、刘二人系宫中内侍，不便出庭，着令司礼监审问。”司礼监掌印太监是郑贵妃的心腹，这审问结果可想而知——庞、刘二人一口咬定“不认识张差”。
案子拖到五月底，万历终于下了道谕旨，说：“张差疯癫成性，着即凌迟处死。庞保、刘成虽无实据，但系宫闱之人，恐有流言，着令自尽。”
这判决简直是掩耳盗铃。张差被处死那天，刑场周围挤满了百姓，有人往他身上扔石头，骂他“疯狗”，也有人叹息：“这汉子怕是替死鬼啊。”更奇怪的是，张差临刑前突然喊了句：“我死了没关系，自有替我报仇的！”这话让监刑官脸色大变，忙下令“速刑”。
而庞保、刘成的“自尽”也疑点重重。据《明神宗实录》记载，二人死前“遍体鳞伤”，像是受过酷刑，司礼监却报称“畏罪自缢”。
梃击案看似了结，实则埋下了更深的隐患。东林党人认定是郑贵妃主使，借机攻击浙党、齐党“包庇奸邪”；而浙党则指责东林党“借题发挥，动摇国本”。两派争吵不休，连地方官都卷入其中——江南的东林书院天天集会骂郑贵妃，而浙党控制的《万历邸报》则连篇累牍说张差是“真疯癫”。
民间的猜测更是五花八门。有的说张差是太子自导自演，想借此博取同情；有的说万历皇帝暗中默许，想借机敲打郑贵妃；甚至有笔记记载（如《先拨志始》），说张差其实是福王朱常洵的门客所派，想“制造混乱，浑水摸鱼”。
最耐人寻味的是太子朱常洛的态度。案结后，他给万历上了道奏折，说“此事已了，望陛下勿再追究，以安圣心”，字里行间全是退让。
这场谜案的最大赢家，其实是一直隐身的万历皇帝。他借“疯汉闯宫”敲打了郑贵妃，又借太子的“宽宏大量”彰显了“父子和睦”，更借机把东林党和浙党的矛盾摆上台面，让他们互相牵制。至于真相？或许他根本不在乎。
梃击案后，万历皇帝终于下旨让福王朱常洵就藩洛阳，困扰朝廷二十年的“国本之争”看似落幕。可那根枣木棍搅起的疑云，却成了明末三大案的开端。
五年后，万历驾崩，朱常洛继位，是为泰昌帝。可他登基仅一个月，就因服用“红丸”暴毙，成了“红丸案”；而他死后，宠妃李选侍霸占乾清宫不肯搬走，又引发“移宫案”。
