赞大臣裁决”。
其二，推行伯克制与郡县制结合的管理模式。将回疆分为三十一城，每城设伯克若干，分管民政、司法、税收等事务，伯克等级从三品至七品不等，“皆食俸禄，不得私征”（《西域图志》卷三十一）。同时派驻清军分驻各城，设卡伦（哨所）数百处，加强边防。
其三，制定《回疆则例》，规范统治秩序。明确规定“回人犯法，依回俗处置，但死罪须报参赞大臣批准”；“禁止和卓家族干预政务”；“减轻赋税，旧准噶尔所定税额减十分之三”（《清高宗实录》卷五百九十一）。这些措施既尊重了当地习俗，又强化了中央集权。
乾隆二十七年（1762年），清廷正式在伊犁设将军府，以明瑞为第一任伊犁将军，“节制南北两路，统辖外夷部落，操阅营伍，广辟屯田”（《清史稿·地理志》）。至此，天山南北完全纳入清朝中央政府的直接管辖，新疆作为一个政区名称开始出现。
平定大小和卓叛乱，是清朝巩固西北边疆的关键一役。历史学家魏源在《圣武记》中评价：“高宗平定回疆，其功不在唐贞观下。唐之安西都护府，仅羁縻而已；清之伊犁将军，则实统其地，设官置守，与内地等。”这场战争不仅维护了国家统一，更促进了回疆与内地的经济文化交流。
战后，清廷组织大规模屯田，从陕甘、内地迁移汉、回等族农民前往回疆，“授田亩，给耕牛，免赋税三年”（《新疆图志·屯垦志》）。至乾隆末年，回疆耕地面积较战前增加一倍，粮食产量大幅提高，“岁输米麦二十余万石”（《西域图志》卷三十三）。同时，清廷开通从叶尔羌至北京的驿道，设驿站六十余处，使“回疆之玉、棉、果，内地之茶、布、丝，往来贸易不绝”（《檐曝杂记》卷四）。
在民族关系上，清廷推行“修其教不易其俗，齐其政不易其宜”的政策，尊重维吾尔族的宗教信仰和生活习俗，同时严禁宗教干预政治。乾隆帝在《御制回部总叙》中强调：“朕统御万邦，一视同仁，回部虽殊俗，然皆朕赤子，必使各得其所。”这种相对包容的政策，在一定时期内缓和了民族矛盾。
当然，平定叛乱的过程中也伴随着残酷的杀戮。据《西域闻见录》记载，清军在追击叛军时，曾“屠其城，焚其庐”，造成不少无辜百姓伤亡。但从历史全局看，这场战争粉碎了分裂势力的图谋，使新疆地区保持了近百年的稳定，为近代中国西北疆域的奠定作出了重要贡献。
