。忽必烈看着那颗血淋淋的脑袋，半天没说话。第二天早朝，他把脑袋传示百官，冷冷地说：\"诸卿都看看，这就是拥兵自重的下场。\"
李璮之乱虽然只闹了五个月，却像一块巨石砸进元朝的朝堂，溅起的水花改变了大元的治国规矩。
最直接的变化，是汉军世侯的兵权被彻底收了。忽必烈下旨：\"汉军诸将，子弟不得世袭兵权；各州达鲁花赤（监临官），须由蒙古人或色目人担任。\"也就是说，汉族军阀再也不能把地盘当\"家产\"传给儿子，地方官的一把手，必须是蒙古人或西域人——这道圣旨，直接断了汉军世侯\"代代相传\"的念想。
更重要的是，忽必烈开始改革军制。他把原来分散在各地的汉军，整编为\"侍卫亲军\"，驻扎在大都周围，由枢密院直接管辖；又从蒙古各部抽调精锐，组成\"蒙古军都万户府\"，专门镇守边疆。简单说就是：兵权必须握在朝廷手里，谁也不能再当\"土皇帝\"。
朝堂上的汉臣和色目臣，也因为这场叛乱吵翻了天。色目大臣阿合马趁机上奏：\"汉人不可信！李璮就是例子，以后朝廷要职，得让咱色目人多担着。\"汉臣许衡反驳：\"李璮是个例，不能一竿子打翻一船人！治国还得靠汉法。\"忽必烈听着两边吵，没说话，心里却有了主意——他让阿合马管财政，让许衡管教育，谁也不得罪，但兵权和地方行政权，坚决不放手给汉人。
还有个意想不到的变化，是对\"儒户\"的政策。李璮叛乱时，山东有几个儒生跟着他写檄文，忽必烈平定叛乱后，一度想把天下的儒生都划入\"军户\"（当兵的户籍）。多亏姚枢站出来说：\"儒生读的是孔孟之道，教的是忠孝节义，跟李璮这种乱贼不一样。要是把他们逼急了，天下人会说陛下不爱惜人才。\"忽必烈这才改了主意，还特意下旨：\"儒户免差役，专心治学。\"——这场叛乱，反倒让儒生的地位更稳了。
至元六年（1269年）春天，大都的桃花开了。忽必烈在琼华岛（今北海公园）设宴，召集群臣喝酒。酒过三巡，他指着窗外的春色说：\"去年今日，李璮还在济南城里做梦；今年今日，咱大元的法度，总算立起来了。\"
大臣们赶紧举杯附和，可谁也没说破：这场由一个军阀挑起的叛乱，虽然被平定了，但它像一根刺，扎在了元朝的统治根基里——蒙古人与汉人的信任，从此多了一道裂痕；中央与地方的权力平衡，也从此偏向了\"强中央\"。而这道裂痕和这份偏向，将在往后的百年里，不断影响着大元王朝的命运。
就像史天泽在平定叛乱后写给儿子的信里说的：\"李璮这一闹，看似是他自己找死，实则是给大元敲了警钟——这天下要坐稳，光靠刀枪不行，还得让人心服。可人心这东西，哪有那么容易收服啊？\"
