强行侵占其他生命体，导致整个星球陷入混乱。更可怕的是，它们正以指数级速度向宇宙扩散。
冒险队伍联合灵幻族与光灵族，建立精神力防线阻止意识体蔓延。他们发现，这些意识体的核心算法中隐藏着「熵之眼」的代码片段，显然是旧敌遗留的恶意程序。
在最终对决中，冒险队伍的队长将自己的意识与宇宙神器碎片共振，创造出能净化意识体的「精神黑洞」。当最后一个意识体被吸入黑洞时，队长的意识也陷入了深度昏迷。
一位自称来自未来的神秘访客出现在联邦议会，带来令人震惊的预言：三天后，宇宙将因时间线错乱而崩溃。他要求立即停止所有跨时空研究，却无法提供任何证据。
冒险队伍中的时间学者通过观测时空涟漪，发现确实存在多个正在融合的平行宇宙。更危险的是，某个平行宇宙的「熵之眼」组织已经掌握了时间武器，正试图通过改变历史来确保自己的胜利。
在时间管理局的协助下，冒险队伍穿越到关键历史节点——宇宙神器与结晶塔融合的瞬间。他们必须在不改变历史的前提下，阻止平行宇宙势力的干扰。在时间裂缝中，队长与另一个时空的自己相遇，展开了一场关于命运选择的对话。
长期被忽视的暗物质矿工发动起义，要求获得与新能量开发者同等的地位。他们占据了银河系最大的暗物质矿场，并用开采设备制造出能扭曲时空的「暗物质炸弹」。
冒险队伍深入矿场谈判，发现矿工们的诉求远比想象复杂。他们不仅要求资源分配公平，更揭露了联邦隐瞒的真相：暗物质才是维持宇宙熵值稳定的关键，过度开采新能量导致的失衡正在加速宇宙热寂。
当谈判破裂，暗物质炸弹即将引爆时，冒险队伍启动了备用方案——用宇宙神器残留的平衡之力，将矿场转化为一个微型黑洞。这个黑洞既能吸收过剩的新能量，又能稳定暗物质流动，却也永远改变了银河系的星图。
宇宙神器碎片在虚空中重组完成，显现出最后的考验：让一个文明获得永恒的统治权，或是让所有文明自由发展但面临周期性毁灭。曾经的冒险队伍成员们已成为各文明的领袖，他们必须做出选择。
星环联邦主张集中力量对抗熵增，银河共同体坚持多元发展，星灵族则预言永恒统治将导致宇宙生机断绝。在最终的宇宙公民投票中，支持自由发展的票数仅以微弱优势领先。
当神器能量注入宇宙核心时，所有文明都获得了一项神秘能力：在遭遇灭顶之灾时，能将文明记忆编码为基因片段，通过彗星传播到其他星系。这既是生存的希望，也是文明延续的诅咒，因为记忆的苏醒意味着另一个文明的消亡。
在新形成的「轮回之河」畔，当年的队长望着星灵族儿童在沙滩上用星砂堆砌出未来的银河，轻声说：「真正的永恒，或许就存在于这生生不息的创造与毁灭之中。」
