斗远远没有结束，而更大的危机或许还在后面。 就在众人稍作喘息之时，村子的结界突然发出剧烈的警报声。原来，神秘人并未真正离去，他操控着大量的黑暗傀儡从结界薄弱处涌入村子。这些傀儡力大无穷，所到之处一片狼藉。鸣人等人来不及休息，立刻又投入到新的战斗中。小樱运用医疗忍术为受伤的村民和忍者治疗，同时寻找傀儡的弱点。鹿丸则在高处指挥大家作战，调配着战斗力量。
在激烈的战斗中，佐助发现这些傀儡似乎由某种神秘的符文控制。他果断施展火遁·豪火球之术，将符文烧毁，部分傀儡瞬间失去了行动能力。鸣人也趁机带领众人发起冲锋，将剩余的傀儡逐个击破。然而，就在他们以为清理完所有傀儡时，神秘人又出现在村子的上空，他冷笑着说：“这只是我的前菜，真正的大餐还在后头。”说罢，他双手结印，召唤出一个巨大的黑暗漩涡，一场前所未有的危机正悄然降临。 黑暗漩涡中不断有奇异的黑影涌出，这些黑影化作各种恐怖的怪物，张牙舞爪地扑向众人。鸣人等人再度严阵以待，各自施展忍术对抗。就在此时，小樱发现这些怪物的弱点似乎都在眼睛部位。她迅速将这个发现告知大家，众人改变策略，集中攻击怪物眼睛。
神秘人见此，冷哼一声，双手快速变化印诀，漩涡中又出现了更强大的巨型怪物。这怪物皮糙肉厚，众人的攻击难以奏效。关键时刻，鹿丸想出一个办法，让大家合力制造陷阱，将巨型怪物困住。
就在众人以为能制服它时，神秘人又有新动作，他操控漩涡朝村子中心压去，所过之处房屋倒塌。鸣人怒目圆睁，与九尾狐完全融合，爆发出最强力量冲向漩涡。佐助也跟上，与鸣人一起对抗这股强大的黑暗力量。而其他忍者则继续对抗怪物，一场关乎村子存亡的最终大战，正式打响……
