p>而朱一贵得知杜君英投靠清军后，又气又急，却也只能强撑着组织剩余义军抵抗。
此时义军人心惶惶，战斗力大不如前。
施世骠和蓝廷珍率领清军，在杜君英的指引下，对义军展开了猛烈攻击。
朱一贵虽奋力抵抗，但在清军和杜君英的夹击下，义军节节败退。
没过多久，朱一贵的起义军便被彻底镇压。
清军攻陷台湾府城，朱一贵退守沟尾庄。
7月，朱一贵的部下杨旭、杨雄等叛变，设计灌醉朱一贵，将他交给了清军，朱一贵被俘，押送到京城等待斩。
朱一贵只有一身蛮勇，知道自己难逃一死反而什么也不怕了。
康熙在上朝时见到了这名噪一时的朱一贵。
康熙虽然知道朱一贵起义事出有因，但作为皇帝在朝堂公审，必然还是要拿出该有的威严，康熙质问道：“你们口口声声说台湾官吏贪污腐败，为什么不选择向福建巡抚之类的大官检举？”
朱一贵不屑道：“狗皇帝你没点数吗？都到台湾做官了，哪个不是个顶个的混蛋？不是混蛋还不会被贬到台湾来呢！
更何况，台湾是个孤岛，王珍让我们出海捕鱼都要给他钱才行，还跨过大海去找知府？我看你就是那啥…哦对，就是读书人说的，何不食肉糜！”
康熙听了朱一贵这番话，脸色瞬间阴沉下来，朝堂上的气氛也变得紧张起来。
大臣们纷纷低下头，不敢出声。
康熙怒极反笑：“好一个伶牙俐齿的反贼！
朕治理天下，岂容你这般污蔑！”
朱一贵梗着脖子，大声道：“我不过是个农户，若不是被逼得走投无路，谁愿意造反？你若不信，大可派人去台湾查访，看看我说的是真是假！”
康熙心中一动，他治理天下多年，深知民间疾苦，也明白地方官吏贪污腐败之事时有生。
他沉思片刻，挥手道：“先将这反贼押入大牢，朕自会派人去台湾彻查此事。”
朱一贵被押下去后，朝堂上炸开了锅。
有大臣认为朱一贵大逆不道，应立刻斩示众；也有大臣觉得康熙应借此机会整顿台湾吏治。
康熙看着众大臣争论不休，心中已有了主意。
他决定：朱一贵已经谋反，必须杀，但台湾的相关问题也必须改进了，不能让台湾百姓继续学朱一贵！
八月份，台湾又生了风灾，而此时，原本的台湾知府王珍已经在清军打下台湾以后被捕了，还在大牢里面关着呢！
康熙借风灾的名头，痛斥了王珍为的台湾贪官势力，又亲自下令下放赈灾粮食运送到台湾，这次康熙专门强调是不分民族，平等分粮食。
康熙又想起了大牢里的王珍，在他看来，朱一贵必须杀，但王珍居然能养出来朱一贵，那更是不可饶恕。
说完赈灾的事情以后，康熙立刻说：“将王珍等一干贪腐官员即刻押赴刑场，斩示众，以谢台湾百姓！”
此言一出，朝堂上众人皆惊。
康熙接着道：“朕向来严惩贪污腐败，王珍之流，在台湾肆意搜刮民脂民膏，逼得百姓造反，实乃罪大恶极。
朕定要让天下人知道，贪污腐败者，绝无容身之地！”
众大臣纷纷跪地称是。
随后，康熙又开始着手安排台湾的后续治理事宜，选派清正廉洁、有能力的官员前往台湾任职，加强对地方官吏的监管。
同时，鼓励百姓垦荒种地，恢复生产。
对于朱一贵，虽其造反事出有因，但谋反之罪不可恕，最终还是被判斩。
而经过这一番整顿，台湾的局势逐渐稳定下来，此时已经到了康熙61年。
康熙经过朱一贵的“朱三太子起义”
以后，态度大变，他开始觉得胤礽之前替王士元说话也不是没有道理的。
杀了王士元，果然没解决任何问题，甚至还能有朱一贵！
康熙对胤礽态度大变，以至于对胤祉都变得更加亲近，祭天都开始让胤祉多去。
